Евангелион 3.0: Ты

После длительного пребывания в коме, Синдзи вновь возвращается к реальности, полной опасностей и предательств. Он осознает, что его попытки спасти Рэй привели к катастрофическим последствиям, оставив его в состоянии внутреннего хаоса. К тому же, его беспомощность символизирует ошейник, который теперь на нем надет. Мировая ситуация значительно изменилась: знакомые ему Мисато, Аска и другие вступили в организацию WILLE, выступающую против NERV. Эти изменения усугубляют и без того тяжелое положение Синдзи. Хотя с момента Третьего удара прошло 14 лет, его и другим пилотам «Евангелионов» предстает образ подростков, которые остаются пленниками своего прошлого.

Ситуация становится еще более сложной, когда он получает трагическую новость о Рэй: Мисато утверждает, что она больше не существует, что приводит к глубокому кризису для Синдзи. Однако вскоре она возвращается, но уже не в привычном обличье, а на новом боевом роботе серии «Марк». Рэй пытается освободить его из крепости WILLE, что ставит под сомнение все его убеждения. Этот неожиданный поворот событий заставляет Синдзи глубже исследовать свои чувства и воспоминания, пересматривая отношения с окружающими, особенно с Рэй, чья роль в его жизни становится все более сложной и многогранной. Ему предстоит решить, следовать ли за своим сердцем или поддаться мрачным теням прошлого, которые продолжают мучить его на каждом шагу.